为了迅速安定安南，朱载坖向交趾布政使司派出了大量的官员，这些官员都是经过吏部和都察院严格考核的，对于交趾布政使司各州县，吏部也采取了和内地不一样的考核办法，对于安南的州县官员们来说，赋税在现阶段不是主要的考成指标，地方的安定才是主要的考成指标，一旦出现民变、叛乱等，对于地方州县的官员们来说，他们的考成就会受到极大的影响，但是地方能够将这些叛乱予以镇压的话，朝廷也会予以嘉奖，总之就是将安定地方作为对于地方官府的主要考成。
要求地方官府要迅速的将地方安定下来，同时朱载坖命令翰林医官院选派医术精湛的医生，前往交趾布政使司各州县，一来是为诊治疾病，防止瘟疫的发生，二来是指导地方官府将有可能产生瘴气的地方予以处理，朱载坖很清楚，瘴气最主要的就是疟疾、痢疾等疾病，要严厉执行有关卫生的相关条例，对于容易滋生蚊虫的地方予以处理，要防范出现瘴疠，尤其是水源和食物，要注重消毒。
安南植被茂盛，并不缺乏树木，所以朱载坖特地下旨，严禁士卒们饮用生水，除此之外，对于官军的进攻路径也要予以规划，朱载坖命令沐昌祚、刘綎等官军大将们要注意天气的变化，一旦气候转暖，官军就必须做好防范瘴气的相关准备，除了两广、缅甸、云南等适应当地气候的官军可以留在本地之外，其余各部官军先返回驻地，安南已经是大明案板上的肉了，不必付出不必要的伤亡。
朱载坖在了解的前线的信息之后向沐昌祚下达命令，官军打到贤良江并且驻守就可以了，主要控制安南北部，等到官军适应了当地的气候，同时朝廷在安南北部站稳脚跟之后，再渡过贤良江南北夹击，将阮氏消灭就行了，大明第一阶段的任务就是消灭郑氏和黎朝政权，郑氏现在已经是苟延残喘了，朱载坖命令沐昌祚督促诸将，在天气转暖之前将郑氏消灭，打到贤良江。
同时对于阮氏，朱载坖命令交趾布政使司严令阮潢将黎朝伪帝交出来，否则官军就要渡过贤良江，消灭阮氏，同时朱载坖将郑、莫之战的相关详情昭告天下，尤其是安南，当年莫氏篡位的时候，在莫登庸的授意下，朝廷派人前往莫登庸的祖籍地宜阳古斋社，给莫登庸加九锡，封安兴王。不久又炮制了一首颂扬周公辅佐周成王的诗。莫登庸从古斋前往升龙，在他的授意下，群臣建议黎恭帝禅位。武睿等忠于后黎朝的大臣不服，辱骂莫登庸，皆被杀。
嘉靖六年，莫登庸接受了黎恭帝的禅位，成立莫朝，改元明德，恭帝被废为泰王。不久胁迫恭帝与太后郑鸾一起自杀。嘉靖九年，清化人黎意自称后黎朝宗室的外孙，在椰州起兵，宣布恢复黎昭宗的光绍年号。后黎朝遗臣纷纷投奔其麾下，短短旬月之间各郡县纷纷响应，兵至数万人，屯兵马漆江。
黎意的势力越来越大，攻入了西都城。莫登瀛得知此事，率军亲征，与莫国桢合兵击之，被黎意大败。此时黎意声名大振，退往椰州享乐。莫国桢得知黎意无备，率师偷袭，将其擒获，车裂于升龙。黎意的残部逃往哀牢投奔阮淦，使阮淦势力得到壮大；同时阮淦找到了一位名叫黎维宁的人，自称是黎昭宗之子，将其立为皇帝（是为后黎庄宗），试图让其归国复位。
不管是黎意还是黎维宁，都不是黎朝嫡系，所以后黎朝本身就没有所谓的法统，朱载坖之所以用兵安南就是因为安南的这些乱臣贼子，弑君悖逆，所以说大明才出兵安南的，朱载坖明确给阮潢下旨，要么交出伪黎朝伪帝，大明可以放过阮氏，否则的话，大明官军就要覆灭阮氏，孰轻孰重，阮潢自己来掂量吧！
朱载坖还诏令官军要尽快抵达贤良江一带，给阮氏施加压力，在安南的刘綎此时正在围攻临安府，官军将郑松堵在了临安府中，等到官军的火炮运来之后
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