这样的话总后勤部，各镇后勤司，各协后勤处和各营军需长形成了一整套的后勤管理体系，上下级各司其职，总后勤部总理粮饷事务，各级军需官均归其节制，负责为官军保障后勤。戚继光于是询问了两个问题，第一自然是后勤司的官员是是文官还是武职，这点其实是毋庸置疑的，他们当然是武职，虽然也会从其他官署中抽调一些精通财政的官员来，但是主要还是各军事学院的辎重科学员们组成，除此之外，还有一个重要的问题就是后勤司的组成问题。
后勤对于官军来说是极为重要的，不夸张的说，官军现在对于后勤的依赖是极大的，要保障官军的后勤，军饷、粮秣、甲胄、军器、弹药、药品、被服等各种物资的保障，对于官军来说都是极为重要的，后勤司作为专门的后勤部门，所要负责的事项是很多的。
这个内阁和户部也经过商量之后有了一些想法，对于后勤部门，主要有几个大的方面组成，以总后勤部为例，首先是军饷预算司，专门负责核对官军军饷和对官军的军费进行预算，然后是军械装备司，负责官军的军械、弹药、甲胄、装备的计划、调拨和配发；还有粮秣军需司，负责官军的粮秣、被服还有其他的军需物资的规划筹措、调运；车驾运输司，负责组织各种物资的调拨、转运，以及直属辎重兵的管理；医药卫生司，负责官军的军医、野战医院管理，药品的采购与配发；军储兵站司，负责朝廷的各军事储备仓库和各种兵站的管理、设置和检查；审计司，负责各项账目的审核。
在总后勤部的的体制下，各镇、都司的后勤司也要照此实施，将官军的后勤予以正规化，对于内阁拿出来的这个方案，朱载坖认可以试试，这么的大的事情，涉及到官军的后勤粮饷，朱载坖没有心大到一下子在全军推动此事，首先还是在部分部队试点了之后再予以推广。
朱载坖在和文武重臣们商量了之前觉得除了将总后勤部设立起来之外，还要在大明全国建立起军储仓库，保障官军的粮饷，同时在各大将们商议了之后，决定先在蓟镇、大宁镇、辽东镇、京营、亲军诸卫、禁兵和京操班军以及中军都督府所辖各都司试行后勤制度。
在重臣们走后，朱载坖单独召见了首辅张居正、户部尚书王国光、兵部尚书徐渭、莒国公戚继光等人，商量一件事情，就是军饷的发放问题，朱载坖很清楚，无论怎么进行后勤改革，对于大明来说，要解决的主要问题是怎么讲军饷按时、足额的发放到士卒手上，这点确实是个问题，只有军饷能够按时、足额的发放到士卒手上，才能够保证军饷能够到士卒手上去，朱载坖就一个观点，军饷，一定要发给士卒们才行，同时也要尽可能的避免空饷、喝兵血等事情。
戚继光提出一个办法：“每月届发饷之期，由后勤司调集各营军需官长，按册清点，掣签赍批分往各营。俟操后架枪，会同各营管带等按名点发。操演生疏者，查其是否顶替；缺额者扣发禀究；病假者验看是否属实。”
戚继光认为，只有这样，才能够保障军饷的按时发放，对于发饷工作中出现的舞弊问题，允许各级军官士卒指控追参。这样，饷银不经营官之手，大大减少了发饷时舞弊现象的产生，一定程度上保障了普通士卒的收入。在发饷的时候，一定亲自点名，按名发给，保证军饷按时足额的发放到士卒的手上。
除此之外，大将们还提出了一个事情，就是有家有口的士卒，要扣饷发放，将部分军饷支给他们的家小，以保证他们家属的生活，尤其是在士卒出战的时候，通过这种方式，解决士卒的后顾之忧，同时还要想办法减少了军队官长在其中的舞弊。同时扣饷发放通过限制部分士卒在于营伍中的消费，避免了因挥霍而导致其在罢役后饥寒交迫，沦为流寇，有利于稳定朝廷的社会秩序，有利
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